Fundada em 1863 por iniciativa do fidalgo e arquitecto da Casa Real Joaquim Possidónio Narciso da Silva e por mais sete arquitectos (João Pires da Fonte, José da Costa Sequeira, Feliciano de Sousa Correia, Manuel José de Oliveira Cruz, Paulo José Ferreira da Costa, Veríssimo José da Costa e Valentim José Correia), foi inicialmente designada Associação dos Architectos Civis Portugueses, e teve, na sua fase inicial, um carácter de associação de classe. Porém, poucos anos volvidos, além dos sócios "profissionais", admitiu também alguns sócios "amadores", ou seja, que não exerciam a profissão de arquitecto, mas que se interessavam pelo estudo do património arquitectónico. Uma década mais tarde, os "amadores" já eram mais numerosos que os "profissionais", o que levou à alteração da sua designação para Real Associação dos Architectos Civis e Archeólogos Portugueses, em 1872, quando o Rei D.Fernando II lhe conferiu o título régio. Finalmente, em 1911, adoptou a sua designação actual, quando os arquitectos fundaram a Sociedade dos Arquitectos, antepassada remota da actual Ordem dos Arquitectos.

Durante a Monarquia Constitucional, foi presidida por Possidónio da Silva de modo quase ininterrupto desde a sua fundação até 1896, após o que foi presidida por outra figura de grande prestígio do regime liberal, o Conde de São Januário, que foi Par do Reino, Governador da Índia Portuguesa, de Macau e Timor, e Ministro Plenipotenciário na China, Japão e Reino de Sião (actual Tailândia), e ainda encarregado de negócios em todas as repúblicas da América Latina. Entre os seus membros mais ilustres, durante os seus primeiros 50 anos de existência, destacam-se iminentes arqueólogos, tais como Carlos Ribeiro, Estácio da Veiga, Martins Sarmento, Gabriel Pereira, Leite de Vasconcellos, historiadores, como o próprio Alexandre Herculano, olisipógrafos como Júlio de Castilho e Vieira da Silva, e tantos outros. Durante a 1ª República a Associação gozou ainda de grande prestígio, tendo depois entrado gradualmente em declínio, durante o "Estado Novo". Nos anos 60, sob a presidência do Prof. D. Fernando de Almeida, ilustre Médico e Arqueólogo, verificou-se uma revitalização desta Associação, com a sua abertura a uma nova geração de arqueólogos, e a realização das Jornadas Arqueológicas, tradição mantida pelo Dr. Eduardo da Cunha Serrão. Actualmente, após um dos períodos mais críticos da sua História, devido às obras de construção das novas linhas do Metropolitano de Lisboa, as quais obrigaram ao encerramento do Museu Arqueológico do Carmo em Novembro de 1995, a Associação está em vias de concluir uma profunda remodelação do Museu, com o apoio do POC (Plano Operacional da Cultura). Além da renovação completa da exposição permanente, com base num projecto de musealização da autoria do Arq.º Mário Varela Gomes, e de um projecto de iluminação do Eng.º Victor Vajão, procedeu-se a trabalhos de inventariação, conservação e restauro da maior parte do acervo, e à publicação de roteiros em Português e Inglês, estando prevista para breve a publicação de um volume de Estudos e Catálogo Geral do Museu, coordenado por José Morais Arnaud e Carla Varela Fernandes, e que conta com a colaboração de cerca de 30 especialistas em Arqueologia e História de Arte.

Embora a maior parte dos esforços da Direcção tenham incidido, nos últimos anos, sobre o Museu, está actualmente em curso um processo de dinamização da vida associativa, estando em preparação a realização de jornadas, colóquios, seminários e cursos livres, com os quais se pretende motivar a adesão de toda uma nova geração de investigadores na área do património cultural.
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